马来西亚蕴藏着大量的石灰岩洞，其中许多洞穴都笼罩着民间传说和神秘色彩，亦有是天然形成的奇妙艺术品，考古研究报告指出在许多洞穴里有着早期人类活动的证据。大部份的山洞都是石灰石所形成并高过地面。鉴于马来西亚长年潮湿的天气，促使石笋和钟乳石迅速形成，在短短几个月内，就可看到山洞的变化，一再地让旅客对此奇观赞叹不已。
 

马来西亚的洞穴分成两大类：探险和展示洞穴。探险洞穴依然保持其天然的状态，展示洞穴是给游客参观的洞穴，内设照明灯，指示牌和行人道及批注，以方便游客畅其中，与具挑战性的探险洞穴相比，展示洞穴较易进入和清洁。
 

马来西亚也有不少的岩洞寺庙，而霹雳洞和三宝洞最为声名远播，洞内收藏了许多佛像以及佛教壁画，供奉着诸多神像，位于黑风洞的印度神庙，亦是庄严热闹的大宝森节之举行地点。
 

砂拉越著名的洞穴有包括尼亚的彩绘洞及石隆门的仙女洞，尼亚洞穴的墙壁上，有史前的壁画。砂拉越的姆鲁洞穴被认为是全世界最长的其中一座洞穴，其确实长度目前还在估算当中。沙巴著名的古曼东洞，栖息着成千上万的褐雨燕，其所生产的燕窝是华人最精美的食品。
 

一般来说，每年三月至十月的旱季是探索山洞的最佳时期，某些洞穴是必须先取得许可证才能进入，有兴趣人士可向马来西亚自然协会或有关导游查询。